ПЕНЬ, пня, мн. пни и ("обл.") пенья, "муж." Оставшаяся нижняя часть срубленного или сломанного дерева. Корчевать пни. «Жители… гнали… из пеньев смолу.»Некрасов.
Стоять, как пень или пнем ("разг.") - стоять, ничего не понимая, неподвижно, бессмысленно. «Ведь вы будете как пень стоять перед ним.»Достоевский. Стать в пень ("разг.""устар.") - прийти в недоумение, перестать понимать что-нибудь, одуреть. Через пень колоду - см. "колода".
Большой толково-фразеологический словарь Михельсона
Даль В.И. Толковый словарь живого великорусского языка: В 4 т.
Толковый словарь руссого языка под ред. Д.Н. Ушакова
Малый академический словарь
Морской словарь
Советская историческая энциклопедия
Этимологический словарь русского языка Макса Фасмера
Этимологический словарь русского языка
Словарь русского языка, составленный Вторым отделением Императорской Академии Наук
Словарь живого народного, письменного и актового языка русских южан Российской и Австро-Венгерской империи